由于石墨坩堝具有體積密度大、耐高溫、傳熱快、耐酸堿腐蝕、高溫強度大、抗氧化功能高級特色，因而，在運用過程中難免會用來避免腐蝕性物質。雖然石墨坩堝具有抗酸抗堿的能力，但是對于個別原料的煉制，在坩堝運用以后的整理作業卻很麻煩。
    石墨坩堝的清洗首要進行的作業是將坩堝內的化學物質整理出來，然后進行清潔，我們需求依據石墨坩堝內的剩余物質是什么來決議用什么東西來清洗，一般石墨坩堝上的附著物是無機焚燒后的殘渣，我們能夠運用鹽酸來進行整理，大多數都是能夠溶的，一些含有碳成分的殘留物，運用鹽酸是不能溶解的的，這時能夠運用硝酸進行清洗，由于硝酸具有強氧化性，在清洗時也能夠適當加熱。
    對于那些整理的物質，能夠在稀鹽酸或稀硝酸內煮沸注意所用的鹽酸中不得含有硝酸，硝酸鹽，鹵素比及氧化劑。如果稀硝酸尚不能洗凈時，則用焦硫酸鉀，碳酸鈉或硼砂熔熔清洗。
    石墨坩堝需求保持清潔，內外應亮光，經過持久灼燒后，坩堝外表可能黯然無光，日久必深入到內部致使坩堝軟弱破裂，因而必須清楚不清潔之物。如仍有五點或外表發烏，則用經過100篩目的無尖利棱角的細砂，用水潤進行輕輕沖突，使外表回復光澤。